BioInformatics - Myanmar

AI (Convolutional Neural Network ) ကိုအသုံးပြုပြီး DNA sequence ကို prediction ပြုလုပ်ဖို့ဆိုရင် Convolutional Neural Network ကို အသေးစိတ်နားလည်းဖို့လိုအပ်ပါသည်။

Convolutional Neural Network (CNN) Theory အပြည့်အစုံ pdf file ကို အောက် ဖော်ပြပါလင့်တွင် download ပြုလုပ်နိုင်ပါသည်။

https://u.pcloud.link/publink/show?code=XZCQnwXZ1BauuGKJtljc0acPooqwG537jOFX

DNA sequence with CNN Convolutional Neural Network

About FASTQ Format

Bioinformatic မှာ ဇီဝဗေဒဆိုင်ရာအချက်အလက်များကို လေ့လာဖို့အတွက် DNA sequencing နည်းပညာက အရမ်းအရေးပါတဲ့ နည်းပညာတစ်ခုဖြစ်ပါသည်။ အခုဆိုရင် Covid ဗီဇ မျိုးကွဲတွေကိုလေ့လာတဲ့အခါမှာ DNA sequencing နည်းပညာကို သုံးပြုပြီး လေ့လာကြရပါတယ်။
Covid DNA sequencing ပြုလုပ်သည့်အခါ စက်မှထွက်လာသည့် Raw Data သည် FASTQ Format ဖြင့်ထွက်လာပါသည်။ sequence ပြလုပ်သည့်အပေါ်မူတည်ပြီး single-end sequencing ဆိုရင် တော့ forward fastq file က တစ်ခုပဲထွက်လာပြီး paired-end sequencing ဆိုရင်တော့ forward and reverse file နှစ်ခုထွက်လာပါသည် (ဉပမာ 4_S1_L001_R1_001.fastq, 4_S1_L001_R2_001.fastq ) ။ Covid DNA sequencing ကို paired-end sequencing ဖြင့်ပြုလုပ်သည့်အခါ ထွက်လာသည့် file size က နှစ်ခုပေါင်း 300 mb လောက်ရှိပါသည်။ sequence base pair(TTTTGTTACTTAT) ပေါင်း million နဲ့ ရှိပါတယ်။ Fastq format က nucleotide sequence တွေကို computer မှာ text base ဖြင့်သိမ်းဆည်းထားတာပါ။

Fastq Format မှာ nucleotide sequence တစ်ခုကို လိုင်း (၄)ခုဖြင့်သတ်မှတ်ထားပါသည်။

:1:000000000-JDTF6:1:1101:14880:1500 2:N:0:5
TTTTGTTACTTATAACCTCTGGAACACTTTTACAAGACTTCAGAGTTTAGATAATGTGGCTTTTAATGTTTTAAATAATGGACACTTTGATGGACAACAGGGTGAAGTACCAGTTTCTATCATTAATAACACTGTTTACACAAAAGTTGAT
+
1>>A11B33BD3B33B1BAF1111A00BFGF3B3110ABED2121DDF211221D2D21/BFGH21B2BD2A211D212211B1BFFG12D210B10>/0//B//11B2@121BGG2G2FG2FFD1F2211BF1GHHBEBD1?000BG12F

လိုင်း(၁)က sequence identifier သတ်မှတ်ထားပါသည်။
လိုင်း(၂)က sequence ပါ ။
လိုင်း(၃)က + တစ်ခုပဲရှိပါတယ်။ အဲဒီနောက်က လာမည့်လိုင်းက sequence တစ်လုံးချင်းရဲ့ Quality Scores ဖော်ပြပေးထားတာပါ။
လိုင်း(၄) က လိုင်း (၂) ထဲမှာရှိသည့် sequence တစ်လုံးချင်းရဲ့ Quality Scores ကိုဖော်ပြပေးထားတာပါ။

Yan Naing Soe